2008年12月31日，《中文核心期刊要目总览》2008年版编委会颁发正式通知，扬州大学学报人文社会科学版、农业与生命科学版、自然科学版分别入编《中文核心期刊要目总览》2008年版（第五版）综合性人文社会科学类、综合性农业科学类、综合性科学技术类核心期刊。人文社会科学版、农业与生命科学版此次是蝉联全国中文核心期刊；自然科学版首次入选全国中文核心期刊。